Полузащитник, двукратный чемпион России, в сборной с 2011 года.
Уроженец города Кингисепп, Ленинградской области, выпускник СДЮШОР «Зенит». В качестве профессионала впервые вышел на поле за тот же «Зенит,» из которого позднее перешёл сначала в «Кубань», потом в «Анжи», а после в столичное «Динамо». За сборную Алексей играет давно: сначала это была юношеская команда, потом молодежная, наконец вторая и основная команды. Ионова называют весьма агрессивным, напористым в атаке игроком. Он хорошо чувствует себя как на флангах, так и ближе к центру поля, трудолюбив, обладает хорошо поставленным ударом.
Вместе с Зенитом Алексей Ионов стал обладателем сразу нескольких престижных наград отечественного футбола: два раза становился чемпионом страны, один раз завоевывал бронзовую награду и Кубок России, дважды удостаивался Суперкубка. Имеется в его копилке и Кубок, и Суперкубок УЕФА. Отметился Ионов и в списке 33 лучших футболистов страны, причём в первой тройке.