Является наставником сборной России с 11 августа 2016 года. Контракт с РФС был заключён на два года, то есть до конца финальной стадии домашнего Чемпионата мира-2018. Сразу после окончания турнира с ним был заключён новый контракт по схеме 2+2: если сборная пройдёт в финальную часть Евро-2020, Черчесов возглавит команду ещё на два года.